即使只是碎片也拥有很强的妖力的四魂之玉，不可以落到邪恶的妖怪们手中。最初戈薇受不了粗暴任性的犬夜叉，但是在了解犬夜叉从不将弱者置之不顾的性格后，慢慢对犬夜叉产生了好感。不久，小狐妖七宝、不良法师弥勒、妖怪退治师珊瑚和其同伴云母也加入了，犬夜叉他们为了四魂之玉碎片和成群的妖怪们战斗的旅程开始了。
　　发出异常妖力的“不归之森”。桔梗感觉到了，什么不吉的事就要发生的预感。元寇时候从大陆东渡到日本的妖怪军团，被当时支配关西的犬夜叉的父亲给击退了，封印于这座森林。但是，背负着一族的怨念，那个首领之子玛瑙丸终于复活了。开始，使用着两位美少女妖怪琉璃和玻璃，犬夜叉他们来到了附近。琉璃仿照了弥勒的风穴，玻璃支配了云母的心。但是，玛瑙丸的目标并不是四魂之玉的碎片，而是犬夜叉的父亲的遗物——妖刀铁碎牙。为了用那个力量进化成更强大的妖怪。
　　经过200年漫长的岁月要向犬夜叉复仇的玛瑙丸。那个能量变成了强大的力量，其强力的攻击使犬夜叉负了濒死的重伤。被夺走风穴的弥勒、被云母袭击的珊瑚，被强力的羁绊结合在一起的同伴们中产生了动摇。被追击得走投无路，对着中了玛瑙丸的妖术想要杀掉犬夜叉的戈薇，桔梗冷酷的告戒：“回到你的时代去”……“别再见犬夜叉了”

　　战国和现代——
　　被离间的犬夜叉和戈薇。
　　走投无路的危机中，会发生奇迹吗？