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在东京有个“西国立市”神社，那里有三名可疑男子在密谈。突然有个戴着老翁面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此事件同时，大阪，京都也相继发生了杀人事件。
根据搜查的结果，警视厅发布，被杀的5人都是往返东京·大阪·京都三大城市盗窃著名佛像和美术品的盗窃集团成员。他们似乎是以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名“义经”，部下以“弁庆”为首，各自以家将姓名相称。是对盗窃集团怀恨之人所为吗？还是内部分裂而杀人呢？警视厅对犯罪动机也没有掌握有力的线索……
一方面，小五郎带着柯南，兰，园子到访京都。在由绪的寺院——山王寺的住持告诉他们，8年前国宝级的佛像被盗走了，委托他们解读可以判断佛像藏匿地点的迷样的画像。柯南从佛像被盗的事情怀疑是盗窃集团所为，事件开始向破解的方向进展。但很快，在他到达义经·弁庆的传说流传的历史遗迹——最著名的京都五条大桥开始追寻时，有个手持竹刀的男人突然来袭！
在京都的五条大桥上，高个男子弁庆挥起长刺刀，牛若丸刀直劈而下！在栏杆上瞬间闪过的柯南惊奇的看到那个男子！那个男子竟是与工藤新一并称的西部高中生侦探-服部平次。平次是知道柯南的真实身份就是工藤新一的少数几人之一。他也是为了追寻在大阪发生的盗窃集团成员被杀事件的真相到了京都。总是在较劲的柯南与平次这次为了查出事件的真相而戮力合作。但是，两人身边有个戴着老翁面具的黑影男人！
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