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1999年7月，神秘巨大的流星坠落在南亚塔利亚岛上，前所未有的强大冲击波引发了全球性的地震。经过调查，这是一艘全长1200米的巨大外星人的战舰。经过研究，人类得知地球之外存在这智慧生命并正积极准备进攻地球……人类正面临着前所未有的重大危机。 10年后，通过飞船的研究，人类已经掌握了前所未有的先进科技，这在以前都是不可想象的科欢般的成绩。在这种情况下，一部份人类开始进行将地球统一成一个国家的举动，这个颠覆性的思想吸引了相当多的国家的加入，他们为统一行动积极行动着，当却引发其他不愿意统一的国家的反感。双方的分歧越来越大，外交的努力被放弃后，统一派和反统一派的战争终于不可避免地爆发。和即将在以后爆发的星际战争类似，地球人的内部战争异常的惨烈，无数人的生命熔化在熊熊战火中……
在第一次地球联合战争爆发8年以后。随着越来越多的资深驾驶员在残酷的战斗中丧身，政府下令十几岁的少年也必须参军。在这样的时代背景下，年轻的联合军驾驶员工藤シン驾驶着爱机F-14出战。在一次战斗中，工藤不幸迫降在南海的一座孤岛上。但其实联合军和反联合军双方都探测到了岛上有异常能量反应，而主角却对此浑然不知......
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