來自宇宙K隆星，以侵略地球為目的Keroro軍曹和他的四名隊員，在不知不覺間日漸適應了藍星(地球)的生活。在日向家一邊寄住，一邊等待侵略時機到來的Keroro，與冬樹成為好朋友，但因沉迷高達模型而慘變家務阿四。
某天，Keroro跟冬樹一起去買他最喜歡的高達模型，在回家的路上，倆人發現一間不可思議的廟宇，並不小心打碎了裡面供奉著的壺。第二日便開始發生奇怪的事件，
每個人的面上身上都被標記上”X”的印記，身上有印記的人可以知他人內心的想法，但同時人門都因此對生存失去幹勁，也對身邊的人失去信心。
原來那個被打碎的壺，是封印著K隆星遠古時代的最終兵器Kiruru，Kiruru以人們對彼此失望等負能量為食物，開始其毀滅地球的行動。與此同時，掌握著Kiruru秘密的神秘外星人Mirara出現了。究竟Keroro小隊會選擇捍衛地球? 還是進攻地球？一場笑震
宇宙的太空戰爭發動了！
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