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未来的日本，有许多拥有“E”能力的能力者们，并未发现自己的超能力每天过着平常人的生活。经常会搞坏自己周围电器并为此烦恼的OL 美晴。某天，忽然在她身边出现了数名男性，他们说美晴很危险并要把她带走！这时，身着身上流动着虹色战斗服的少女2人组出现了，她们以枪和身体为武器，击败了意欲绑架美晴的男子们，原来两人也是超能力者！她们分别是寡言的E能力者君塚麻织（17岁）和富有朝气的E能力者海老原千波美（22岁）（第一部中的女主人公）2人围绕E能力者的开始向美晴展开介绍，原来2人属于想让E能力者适应社会的保护组织，而刚才的男子则属于想要隔离E能力者的激进组织......E能力者与普通人类到底能够共存还是对立呢？大家拭目以待！
第二季的《CODE-E》故事发生在第一季完结后的第五年，而且风格一变，成为了一部SF格斗类的动画
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